ということで、展開には以下のようにやってください。

cd $B2G_WORK
tar zxvf ~/naist-jdic-0.4.3.tar.gz
cd $B2G_WORK/B2G/gaia/keyboard/imes/jskanji/dict
mkdir ipadic
cp $B2G_WORK/naist-jdic-0.4.3/naist-jdic.dic ipadic/
make json

※:B2G_WORKはB2Gディレクトリの配置場所

ビルドは、今までどおり
GAIA_KEYBOARD_LAYOUTS=en,jp-kanji ./build.sh
でOKです。

FxOSコードリーディングで本間様に教えていただきました。ありがとうございました。